Tiến sĩ Phạm Huy Thông trong một bài viết đăng trên trang thông tin của Ban tôn giáo chính phủ Việt Nam có thông tin về: "tin đồn linh mục Trực bị giáo hội phạt treo chén là không có cơ sở". Theo ông Thông, Linh mục Trực khi ứng cử Quốc hội và đi kháng chiến đều đã xin phép và được sự đồng ý Giám mục bản quyền của ông. Linh mục Trực cũng cam kết khi kháng chiến thành công sẽ trở về tiếp tục làm công tác mục vụ. Trong một Lá thư do Hồng y Trịnh Như Khuê gửi Khâm sứ Dooley đề ngày 5 tháng 9 năm 1955 đã viết như sau: "... Cha Phạm Bá Trực đã đi với phép của Đức cha Thịnh (Chaize), vị tiền nhiệm của tôi, còn cha Vũ Xuân Kỷ có thể là tự ý ra đi. Khi nhận chức Giám mục, tôi chưa bao giờ gặp hai vị này…Cho tới nay, hai vị tiền nhiệm là Đức cha Thịnh và tôi nữa, chúng tôi chưa ra án phạt họ. Tôi tưởng trước hết hãy xem và nghe họ, những tin tức tôi lượm được về họ, thì hồ đồ và những điều phao tin về họ thường là gian dối"[2].

Ngày 28 tháng 11 năm 2009, UBND tỉnh Thái Nguyên và Đoàn Đại biểu Quốc hội tỉnh Thái Nguyên kết hợp với Viện Nghiên cứu Tôn giáo đã cùng tổ chức Hội thảo Khoa học "Linh mục Phạm Bá Trực và đường hướng Công giáo đồng hành cùng dân tộc trong thời kỳ Kháng chiến chống thực dân Pháp (1946-1954)". Nhiều tham luận đã giới thiệu, đính chính về những vấn đề cần làm rõ của linh mục Trực cũng như các ý kiến đều nêu việc thực tế là hiện nay những hình ảnh về linh mục Phạm Bá Trực rất hiếm thấy[6].